Binnenland
Zowel landelijk als plaatselijk bestaan er al geruime tijd contacten met de Christelijke Gereformeerde Kerken (CGK). In een tiental plaatsen is het gemeenteleven van de CGK en de NGK volledig geïntegreerd en vormen beide kerken één (samenwerkings)gemeente, waarin alle activiteiten (eredienst, catechese, jeugdwerk etc.) gezamenlijk plaatsvinden. Daarnaast werken in een aantal plaatsen de CGK en de NGK nauw samen. Dit komt tot uiting in kanselruil, gezamenlijke diensten, gemeenschappelijke catechisaties, evangelisatiewerk dat gezamenlijk wordt verricht etc. Daarnaast zijn er ook veel plaatsen, waar geen enkele vorm van contact bestaat tussen beide kerken.
Op landelijk niveau wordt er samengewerkt bij de predikantsopleiding. Sinds 2006 heeft de Nederlands Gereformeerde predikantenopleiding het karakter van een instituut dat ‘aanleunt’ tegen de Theologische Universiteit van de CGK in Apeldoorn: ca. 20 % van de college-uren worden gegeven door Nederlands Gereformeerde docenten, de overige colleges worden gegeven door de docenten van Apeldoorn. Overigens is de relatie op landelijk niveau met de CGK de laatste jaren bekoeld: de synode van deze kerken acht de verschillen met de NGK dermate groot, dat het streven naar landelijke eenheid van beide kerken op een laag pitje is gezet.
In de relatie met Gereformeerde Kerken (Vrijgemaakt) (GKV) daarentegen is de laatste jaren sprake van een ontwikkeling ten goede. In de eerste 25 jaar na de breuk in deze kerken, die leidde tot het ontstaan van de NGK, was er nauwelijks enige vorm van kerkelijk contact, maar daar is de laatste tien jaar verandering in gekomen. Circa 25 plaatselijke Nederlands Gereformeerde Kerken hebben meer of minder intensief contact met de plaatselijke Gereformeerd (vrijgemaakte) kerk. In één geval is sprake van één (samenwerkings)gemeente waarin de meeste gemeentelijke activiteiten gezamenlijk plaatsvinden. In een aantal andere plaatsen vinden kanselruil en gezamenlijke kerkdiensten plaats en staat het Avondmaal open voor leden van beide kerken. Elders heeft men elkaar over en weer erkend heeft als kerken van Jezus Christus of vinden gesprekken plaats om tot die wederzijdse erkenning te komen.
Ook op landelijk niveau is het klimaat tussen beide kerken de laatste tien jaar aanzienlijk verbeterd. Sinds 1996 vinden er enkele malen per jaar ontmoetingen plaats tussen afgevaardigden van beide kerken, benoemd door de Generale synode van de GKV en de Landelijke Vergadering van de NGK. Deze ontmoetingen zijn gericht op het uit de weg ruimen van barrières zoals een verschillend omgaan met de binding aan de belijdenis en een verschillend oordeel over de vrouw in het ambt, die samensprekingen gericht op kerkelijke eenheid totnogtoe in de weg staan. Deze ontmoetingen voltrekken zich de laatste jaren in een goede en open sfeer en staan in het teken van het verlangen om elkaar als kerken te vinden.
Vermeldenswaard is ook dat er in een aantal plaatsen sprake is van intensieve samenwerking tussen de drie kerken: Nederlands Gereformeerd, Christelijk Gereformeerd en Gereformeerd (vrijgemaakt). Op één plaats heeft men al één gemeente gevormd. Het Gereformeerd Appèl is een beweging van kerkleden die sinds 1992 onder meer via een jaarlijks gebedsavond impulsen geeft voor grotere kerkelijke eenheid tussen NGK, CGK en GKV.
Buitenland
De Nederlands Gereformeerde Kerken hebben contact met diverse gereformeerde kerken in het buitenland. Niet om een groot netwerk van internationale relaties op te bouwen, maar vanuit de overtuiging dat kinderen van God en gemeenten van Jezus Christus elkaar in deze wereld nodig hebben.
De Nederlands Gereformeerde Kerken onderhouden een officiële zusterkerkrelatie met
- de Vrije Kerken van Oost-Soemba
- de Christian Reformed Church in Canada en Noord-Amerika,
- de Eglises Protestantes Réformées Evangéliques in Frankrijk,
- de Reformed Churches in Australië,
- de Reformed Church of Japan,
- Die Gereformeerde Kerke in Suid-Afrika
In laatstgenoemd kerkverband worden de gemeenten opgenomen die ontstaan vanuit het Nederlands Gereformeerde zendingswerk in Zuid-Afrika.
Het adres voor het contact met buitenlandse kerken is de secretaris buitenland van de Commissie voor Contact en Samenspreking met andere kerken: , Boerhoorndreef 160, 9403 KH Assen, Netherlands, telefoon +31 592 40 68 83